La sera del Venerdì Santo, alle ore 20.00, dalla Chiesa del Crocifisso esce la processione dei Misteri.
I Misteri sono undici:
1 - Gesù nell'orto;
2 - Gesù alla colonna;
3 - Ecce Homo;
4 - Gesù che porta la croce;
5 - La caduta di Gesù (la Cascata);
6 - Ecco tua Madre (la crocifissione);
7 - Gesù Crocifisso;
8 - La Deposizione;
9 - La Pietà;
10 - Gesù Morto;
11 - L'Addolorata.
Tra la statua di Gesù Morto e quella dell'Addolorata un sacerdote reca tra le mani, sotto un baldacchino a sei aste, il "Legno Santo", un reliquiario contenente una scheggia della Vera Croce di Cristo.
Questa processione, organizzata dalla Confraternita del SS. Crocifisso, è uno degli appuntamenti più sentiti e partecipati dalla popolazione.
Il rullo del tamburo, accompagnato dal suono della tromba, all'inizio del sacro corteo, è il tratto distintivo della Settimana Santa mesagnese.
*** Nota - Fino al 2021 la statua del Crocifisso portata in processione includeva la singola figura del Cristo sulla croce. Nel 2022 al suo posto è stato invece benedetto ed inserito nel corteo un gruppo di quattro simulacri denominato "Ecco tua Madre", che rappresenta la Madonna, S. Giovanni e Maria Maddalena ai piedi del Crocifisso.
La vecchia statua del Crocifisso